کمپانی گیگابایت از استفاده تکنولوژی Intel® Thunderbolt™3 در یک مادربرد X99 برای اولین بار در جهان رونمایی کرد. Intel® Thunderbolt™3 که سریع ترین پروتکل اتصالی در جهان است از طریق یک پورت USB Type-C™ در پنل پشتی مادربرد X99P SLI قابل دسترس است. این تکنولوژی باعث فراهم گردیدن پهنای باند 40Gb/s شده که برای اولین بار در مادربرد های X99 شاهد آن هستیم.

با پهنای باند 40Gb/s اکنون امکان استفاده از قابلیت های جدیدی برای علاقه مندان فراهم می شود که از جمله آن ها می توان به استفاده از GPU box های مجزا، درایو های چهارگانه M.2 و درایو های توسعه U.2 اشاره کرد.

یکی از مهم ترین مزیت های Thunderbolt™3، قابلیت انتقال سیگنال های ویدئویی می باشد اما از آن جایی که پردازنده های پلتفرم X99 دارای پردازشگر داخلی گرافیک (IGP) نیستند، برای استفاده از این قابلیت باید از راهکاری استفاده می شد تا کنترلر Thunderbolt به کارت گرافیک مجزا متصل شود. به همین جهت، یک پورت input از نوع DisplayPort در پنل پشتی این مادربرد تعبیه شده تا با اتصال کارت گرافیک به آن با یک کابل(که در جعبه مادربرد موجود است) بتوان از طریق پورت Thunderbolt تا سقف 6 عدد دستگاه را تغذیه کرد.